Abstract Évaluation de la situation des herbiers de zostère (Zostera marina) à l'échelle de la baie dans les estuaires troubles peu profonds est problématique. Évaluation à l'échelle de la baie (c.-à-d. des dizaines de kilomètres) des herbiers de zostère comprend habituellement des méthodes de télédétection, comme la photographie aérienne ou l'imagerie par satellite. Ces méthodes peuvent être inefficaces si la colonne d'eau est trouble, comme c'est le cas pour de nombreux estuaires peu profonds sur le littoral est du Canada. Un nouveau type de poisson a été mis au point pour évaluer les herbiers de zostère à l’échelle de la baie, quelle que soit la turbidité de la colonne d’eau. Le poisson comprenait une caméra vidéo sous-marine dotée de lasers calibrés, d’un sonar à balayage latéral et d’un système de positionnement par transpondeur. Le poisson a été déployé le long de transects prédéterminés dans trois estuaires du nord du Nouveau-Brunswick. On a produit des cartes sur la couverture et la santé de la zostère (charge d’épiphytes) et sur les caractéristiques des fonds auxiliaires, comme la croissance des algues benthiques, les tapis de bactéries (Beggiatoa) et les huîtres. Les trois estuaires présentaient des accumulations de matière rappelant l'oomycète Leptomitus, bien que celui-ci n’ait pas été identifié clairement dans notre étude. Tabusintac contenait les plus vastes herbiers de zostère en meilleure santé. Cocagne est arrivé en dernière place concernant la santé de la zostère, et Bouctouche était légèrement mieux. La méthode du poisson s'est révélée rentable et utile pour l'évaluation à l’échelle de la baie des herbiers de zostère avec une précision inférieure au mètre en temps réel.